مراسم تشییع امام شهید مجاهد در شهر کربلا تا حرم مطهر امام حسین(ع) و حضرت ابالفضل‌العباس(ع) که قرار بود ساعت ۱۶ روز چهارشنبه ۱۷ تیر آغاز شود، به دلیل حضور و تراکم میلیون‌ها زائر و دلداده، با بیش از چهار ساعت تأخیر آغاز شد. پیکر امام شهید در نهایت پس از حدود ۱۲ ساعت تشییع، حوالی ساعت ۳ بامداد پنجشنبه به وقت تهران وارد حرم مطهر امام حسین(ع) شد.

پس از تشییع پیکر مطهر سیدالشهدای ایران در حرم‌ حضرت اباعبدالله(ع)، حجت‌الاسلام والمسلمین شیخ عبدالمهدی کربلایی بر امام شهید مجاهد نماز اقامه کرد و تشییع‌کنندگان پیکر را گرد ضریح شش‌گوشه امام حسین(ع) طواف دادند.

پیکر مطهر رهبر شهید انقلاب اسلامی پس از بدرقه و اقامه نماز در حرم امام حسین علیه‌السلام در بین‌الحرمین بر دستان عزاداران، رهسپار حرم ابالفضل العباس علیه‌السلام شد. در حرم حضرت ابوفاضل(ع) نیز پس از تشییع پیکر مطهر توسط خیل عظیم زائران، حجت‌الاسلام والمسلمین سید احمد الصافی بر آن اقامه نماز کرد. در آخرین برنامه از مراسم عراق، خدام حرم حضرت اباالفضل العباس(ع) پیکر مطهر شهید آیت‌الله العظمی خامنه‌ای را مقابل مضجع شریف قمر منیر بنی هاشم(ع) قرار داده و پس از قرائت زیارت‌نامه ایشان و اقامه یک نماز دیگر، به روضه‌خوانی پرداخته و مصیبت شهادت مرجع اعلای جهان تشیع را به محضر حضرت صاحب‌الزمان(عج) تسلیت گفتند.

شایان ذکر است، پیش از شروع مراسم تشییع در کربلا، شرکت‌کنندگان در «مشایه»، مسیر پیاده‌روی اربعین از نجف به کربلا، خودروی حامل پیکر مطهر قائد شهید انقلاب اسلامی را تا ورودی شهر همراهی کردند و مسیرهای منتهی به حرم‌های شریف در کربلا نیز ساعاتی قبل از آغاز مراسم مملوء از حضور تشییع‌کنندگان بود.